Wann genau der Rat (der Stadt) entstand, lässt sich aufgrund der Quellenlage nicht nachvollziehen, man kann ihn aber auf die Mitte des 13. Jahrhunderts datieren. Spätestens 1258 existierte der Rat, da in einer Urkunde vom 12.5.1258 die „consules civitatis Hallensis“ erwähnt werden.
Es ist zu vermuten, dass der Rat schon vorher entstanden war, so gibt es beispielsweise eine Urkunde aus dem Jahr 1236, in der der Begriff „cives“ auftaucht, dies ist allerdings kein eindeutiger Hinweis auf die Existenz eines Rates.
Somit gab es spätestens in den Fünfzigerjahren des 13. Jahrhunderts zum einen das immer noch vom Erzbischof beeinflusste Schöffenkollegium, das aber in immer stärkerem Maße in seinen Aufgaben beschränkt wurde, zum anderen den Rat.
Die Aufgaben des Rates bestanden in der Interessenvertretung gegenüber dem Stadtherrn und seinen Beamten vor Ort, der Gewährleistung der Verteidigung der Stadt, der Verwaltung der Finanzen der Stadt und der Aufsicht über die Wirtschaft. In einem Fall übernahm der Rat gemeinsam mit der Bürgerschaft und dem Komtur des Deutschordenshauses die Schlichtung eines Streites, beziehungsweise stellte zumindest den Rechtsvermerk (trotz der Existenz der Schöffenbücher) über die Schlichtung aus.
In Bezug auf die Emanzipationsbestrebungen des Rates ist hier anzumerken, dass dies die erste (erhaltene) Urkunde ist, in der die Ratsmannen das Siegel der Stadt verwenden: „(…) presens scriptum sigillo nostre iussimus roborari.“
Der Rat war in drei Ratsmittel geteilt, die nacheinander für je ein Jahr amtierten. Seit 1427 setzte sich jedes Ratsmittel aus einem patrizisch geprägten Engeren Rat und einem von den Vorstehern der Innungen und Gemeinen, d. h. der vier Stadtviertel, besetzten Weiteren Rat zusammen. Seit 1510 ist auch die Ämterverteilung im Rat kontinuierlich überliefert. Dem Rat standen zwei Bürgermeister vor, die Ratsmeister genannt wurden. Ihnen folgten im Engeren Rat dem Rang nach zwei Kämmerer und zwei Vierherren. An der Spitze des Weiteren Rates standen zwei Worthalter sowie ein Kämmerer und zwei Vierherren.
Die Ratsmeister verantworteten alle städtischen Angelegenheiten, führten bei Gefahr die Bürgerwehr an und vertraten die Stadt nach außen. Die Kämmerer hatten die Leitung des Kassenwesens und beaufsichtigten zusammen mit anderen Ratsmitgliedern das städtische Bauwesen; die Worthalter waren Wortführer der Innungen bzw. der Gemeinen und hatten wie alle übrigen Ratsmitglieder weitere, genau festgelegte Aufgaben in der städtischen Verwaltung und Rechtsprechung zu erfüllen.