Zu der ehemaligen Gertrudenkirche oder Gertraudenkirche gehört das westliche Turmpaar, das leicht schief steht. Die Ursache ist in der tektonischen Störung zu suchen, die den Marktplatz quert und Halle das kostbare Salz gab. 1529 wurde das Langhaus abgebrochen und in den darauffolgenden Jahren mit den Türmen der Marienkirche verbunden. Die Marktkirche wurde geboren.
Die Gertrudenkirche stammt aus dem 11. Jahrhundert. Ihr Vorgänger war wahrscheinlich eine alte Holzkirche, die hoch über dem Thal thronte, das damals vor dem 11. Jahrhundert noch tiefer als heute lag und sumpfig war. Insgesamt sollen aber vier Vorgängerkirchen an dieser Stelle gestanden haben. Der spätere Steinbau wurde dann die Kirche der Salzwirker im Thal. Erst im 15. Jahrhundert wurden die niedrigen Türme durch die markanten „Blauen Türme“ ersetzt.
Links die Gertruden- und rechts die Marienkirche, die Anfang des 16. Jahrhunderts miteinander verschmolzen.