Ernst Brotuff, auch Ernestus Brotufius (* 1497 in Merseburg; † wahrscheinlich 1565 ebenda), war ein deutscher Jurist und Historiker.
1516 war er Schreiber im Benediktinerkloster Merseburg. Nach einem Studium der Rechtswissenschaften wurde er Rat und Anwalt des St. Petri Klosters.
Brotuff wurde 1550 von Kurfürst Moritz von Sachsen zum Schulverwalter der jungen Fürstenschule von Pforta ernannt. Nach zwei Jahren kehrte er nach Merseburg zurück und nahm dort das Bürgermeisteramt an und verstarb hier mit hoher Wahrscheinlichkeit.
Brotuffs Werke sind größtenteils von Fehlern durchzogen. Seine Genealogie des Hauses Anhalt erhielt durch das Vorwort von Philipp Melanchthon einen historischen Wert.